File Structure
├── Data # <== MedVision_DATA_DIR
├── Datasets # <== preprocessed data
├── AbdomenAtlas1.0Mini
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz # <== Our annotations
├── AbdomenCT-1K
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── AMOS22
├── AMOS22-CT
├── Images
├── Masks
├── AMOS22-MRI
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── autoPET-III
├── Images-CT
├── Images-PET
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── BCV15
├── BCV15-Abdomen
├── Images
├── Masks
├── BCV15-Cervix
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── BraTS24
├── BraTS24-GLI
├── Images-t1c
├── Images-t1n
├── Images-t1f
├── Images-t1w
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Landmarks-Label3
├── Landmarks-Label3-fig
├── Landmarks-Label4
├── Landmarks-Label4-fig
├── Masks
├── BraTS24-MEN-RT
├── Images-t1c
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Masks
├── BraTS24-MET
├── Images-t1c
├── Images-t1n
├── Images-t1f
├── Images-t1w
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Landmarks-Label3
├── Landmarks-Label3-fig
├── Masks
├── BraTS24-PED
├── Images-t1c
├── Images-t1n
├── Images-t1f
├── Images-t1w
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Landmarks-Label3
├── Landmarks-Label3-fig
├── Landmarks-Label4
├── Landmarks-Label4-fig
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── CAMUS
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── Ceph-Biometrics-400
├── Images
├── Landmarks
├── Landmarks-fig
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── CrossMoDA
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── FeTA24
├── Images
├── Images-reoriented
├── Landmarks
├── Landmarks-fig
├── Masks
├── Masks-reoriented
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── FLARE22
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── HNTSMRG24
├── HNTSMRG24-midRT
├── Images
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Masks
├── HNTSMRG24-preRT
├── Images
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── ISLES24
├── Images-ADC
├── Images-DWI
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── KiPA22
├── Images
├── Landmarks-Label4
├── Landmarks-Label4-fig
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── KiTS23
├── Images
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── MSD
├── MSD-BrainTumour
├── Images-FLAIR
├── Images-T1gd
├── Images-T1w
├── Images-T2w
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Landmarks-Label3
├── Landmarks-Label3-fig
├── Masks
├── MSD-Colon
├── Images
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Masks
├── MSD-Heart
├── Images
├── Masks
├── MSD-HepaticVessel
├── Images
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Masks
├── MSD-Hippocampus
├── Images
├── Masks
├── MSD-Liver
├── Images
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Masks
├── MSD-Lung
├── Images
├── Landmarks-Label1
├── Landmarks-Label1-fig
├── Masks
├── MSD-Pancreas
├── Images
├── Landmarks-Label2
├── Landmarks-Label2-fig
├── Masks
├── MSD-Prostate
├── Images-ADC
├── Images-T2w
├── Masks
├── MSD-Spleen
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── OAIZIB-CM
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── SKM-TEA
├── Images-E1
├── Images-E2
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── TopCoW24
├── TopCoW24-CT
├── Images
├── Masks
├── TopCoW24-MR
├── Images
├── Masks
├── benchmark_plan_*.json.gz
├── src # <== source code for medvision_ds
├── .downloaded_datasets.json # <== dataset status tracker
